Pengendalian internal merupakan kegiatan yang penting dalam perusahaan, karena apabila terjadi pengelolaan yang kurang tepat akan menyebabkan kerugian yang besar untuk perusahaan. Untuk menghindari kemungkinan terjadinya penyimpangan maka diperlukan sistem pengendalian internal yang dapat membantu manajemen dalam melaksanakan kegiatan operasi perusahaan khususnya pada lingkungan pengendalian, penilaian risiko, kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, dan pengawasan dalam aktivitas operasi yang dilakukan oleh pihak manajemen berdasarkan standar operasional prosedur perusahaan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis bagaimana penerapan sistem pengendalian internal pada PT. SISFOMEDIKA Yogyakarta. Alat analisis menggunakan kerangka COSO, metode analisis menggunakan metode deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PT.SISFOMEDIKA Yogyakarta sudah menerapkan sistem pengendalian internal dengan baik . secara keseluruhan baik dari aktivitas lingkungan pengendalian, penaksiran risiko, kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, serta pengawasan telah dilaksanakan dengan baik. Sistem pengendalian internalnya sudah memadai dan berjalan dengan efektif dan efisien. Anggaran Dasar (AD) dan Anggaran Rumah Tangga (ART) yang ada pada PT.SISFOMEDIKA Yogyakarta dapat membantu manajemen dalam menyusun perencanaan yang efektif serta membantu proses pengendalian dan pengawasan atas penyimpangan perencanaan yang terjadi, seperti operasional yang tidak sesuai standar dan kesalahan prosedur kerja.